将PMA处理的样本室温置于摇床上,避光孵育10min,使染料与样本充分混匀!将样品曝光,可以使用蓝色或白色光源,照射时间需自行摸索!例如,可用60W的蓝光灯,照射15min!注:①若使用卤素灯,我们建议将PMA处理的样本管放在距离光源20cm处的冰块上。冰块应放在透明托盘中,调整光源使其直接指向样品,光解5-15min;②若直接用环境中获取的细菌进行实验,由于环境样本的复杂性或浑浊度,需适当延长光解时间。
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注:DNA提取步骤参考所用试剂盒的说明书!PMA的部分作用机制是通过沉淀从样品中去除PMA结合的DNA;因此,在提取基因组DNA时,各组应使用相同体积的基因组DNA洗脱液,进行体积归一化处理(死菌和活菌提取基因组DNA量不一致,因此两者浓度相差明显).吸取10μL菌液于液体LB培养基,在细菌培养箱中培养过夜或更长时间,使细菌培养至对数生长期(OD600≈0);注:培养基类型及培养时间根据实验调整!取活细菌两份,每份400μL,置于干净离心管中.
非LED灯(如卤素灯)可能会加热您的样本并对分析产生负面影响,照射时需要使用冰块对样品降温处理!样本可以在光解后冷冻保存!若在进行PMA处理光解之前冷冻样本可能会损坏细胞膜并产生假阴性结果.如需在检测之前冷冻样本,建议先进行预实验.PMA的部分作用机制是通过沉淀从样本中去除PMA共价修饰的DNA;因此,在提取基因组DNA时,需使用相同体积的基因组DNA洗脱液,进行体积归一化处理!阳性对照可以使用活细胞的基因组DNA!
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为了验证PMA在测试样本中的有效性,可对比同处理样本-/+PMA之间的Ct(dCt)变化。实验材料(自备)光源(用于PMA修饰DNA后的光解步骤)细菌基因组DNA提取试剂盒配套的qPCRMix试剂盒对应样本类型的有效qPCR引物实验步骤吸取10μL菌液于液体LB培养基,在细菌培养箱中培养过夜或更长时间,使细菌培养至对数生长期(OD600≈0);注:培养基类型及培养时间根据实验调整!取活细菌两份,每份400μL,置于干净离心管中。
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(建议)制备死细菌。若需要死细菌作为对照,可将活细菌放入水浴锅中95℃加热5min,或58℃加热3h,具体操作根据样本类型自行选择,即可获得死细菌!死细菌的后续操作同活细菌!AnnexinV-PE偶联物YF488TUNEL细胞凋亡试剂盒(绿色荧光)YF488TUNEL细胞凋亡试剂盒(绿色荧光)YF555TUNEL细胞凋亡试剂盒(橙红色荧光)YF555TUNEL细胞凋亡试剂盒(橙红色荧光)YF594TUNEL细胞凋亡试剂盒(红色荧光)YF594TUNEL细胞凋亡试剂盒(红色荧光)Cy3TUNEL细胞凋亡试剂盒Cy3TUNEL细胞凋亡试剂盒BiotinTUNEL细胞凋亡试剂盒BiotinTUNEL细胞凋亡试剂盒SuperViewTM488Caspase-3活细胞分析试剂盒SuperViewTM488Caspase-3活细胞分析试剂盒Oxazoleyellow/PI膜透性凋亡检测试剂盒Oxazoleyellow/PI膜透性凋亡检测试剂盒JC-1线粒体膜电位检测试剂盒JC-1线粒体膜电位检测试剂盒LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,EthD-1)LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,EthD-1)LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,EthD-1)LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,PI)LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,PI)LiveDeadTM动物细胞活力/毒性检测试剂盒(CalceinAM,PI)细菌活力/毒性检测试剂盒细菌活力/毒性检测试剂盒YF488Click-iTEdU成像试剂盒(绿色荧光)两份活细菌,一份不用PMA处理,一份用25μMPMA处理(处理不同类型或不同来源细菌的PMA浓度需查阅相关文献).
例如,可用60W的蓝光灯,照射15min.注:①若使用卤素灯,我们建议将PMA处理的样本管放在距离光源20cm处的冰块上.冰块应放在透明托盘中,调整光源使其直接指向样品,光解5-15min;②若直接用环境中获取的细菌进行实验,由于环境样本的复杂性或浑浊度,需适当延长光解时间.处理和未处理的活细菌5000×g,离心10min,去上清!根据样本类型选择合适的基因组DNA提取试剂盒,洗脱DNA时,各组样本使用相同的洗脱体积.
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