3．疑难的亲缘关系鉴定：除上述两类外，还有一些比较疑难的亲缘关系鉴定，如父母皆疑（无）的同胞（兄弟、兄妹、姐弟、姐妹）、表兄妹关系的鉴定，叔侄之间、姨和外甥女之间、舅舅与外甥（外甥女）之间的亲缘关系鉴定等!判定亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲；因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲！

　　个体高度特异性：不同个体DNA分子水平上遗传本质的差异，决定了同一种限制酶消化基因组DNA，某一个体与另一个体的等位基因片段在数量和长度上是不可能相同的，从而产生具有个体特异性的DNA.按孟德尔遗传规律遗传：通过大量的家系调查证明，子代DNA中所有等位基因带都可以在双亲的DNA中找到，片段的传递符合孟德尔遗传规律！亲权指数DNA亲子鉴定是亲子测试中准确的一种。如果小孩和测试男子的DNA模式在一个或多个的DNA探针上不吻合，那么被测试男子便被排除，即他是0%可能是亲生父亲，他不可能是孩子的生父.

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　　如果是母亲，孩子和被测试父亲的DNA模式完全吻合，那么可以计算出997%或更大的或然率，这个结果证明他是实则完全证实小孩的亲生父亲。大部分的美国法庭接受90%或然率作为生父证明的证据。DNA亲子鉴定实验操作步骤如下：DNA提取把样本细胞核中所含有DNA提取出来，然后进行一定的纯化，化除样本中的杂质.第二步：PCR扩增PCR的中文名为聚合酶链式反应，简单的说，PCR扩增这一步就是把我们所需要的片段通过酶促反应，在PCR仪上进行大量复制，放大到通过某些专用仪器可以看到的程度。

正规父子亲子鉴定流程

　　遗传学理论已证实，子女的基因组DNA各有一半分别来源于亲生父母一方!法医物证专业开展的亲缘关系鉴定包括以下几类：1．常规的亲生血缘关系鉴定：这是需求量大的一类亲权关系鉴定，包括三方（又称为三联体）、父子双方（又称为二联体）的亲权鉴定！这类鉴定的准确率可以达到9999999%!2．隔代亲缘关系鉴定：这类鉴定指要确认曾祖父母与曾孙子（曾孙女）、祖父母与孙子（孙女）之间的亲缘关系！还包括单纯的父系亲缘关系鉴定如要确认曾祖父与曾孙子、祖父与孙子之间的亲缘关系，以及单纯的母系亲缘关系鉴定如要确认曾祖母与曾外孙女、外祖母与外孙女之间的亲缘关系!

　　第三步：后PCR反应这一步主要是上ABI测序仪检测的准备阶段，将双链的DNA打开，加一些检测用的的内标，主要是用来标记检测的片段长度。第四步：毛细管测序仪检测由于DNA带有电荷，通过毛细管电泳的方法，不同片段DNA长度的电泳速度不同，在同样的电压，同样的电泳时间下，泳动的距离不同，这些长短不同距离可以通过前期加入的内标测量分辨出来，同时可通过一定的软件显示在电脑上，方便检测人员处理和分析数据.第五步：分析数据，出具报告主要是检测人员将所得结果进行分析汇总、计算，然后出鉴定结论和报告.