1996年3月15日，卫生部发布《保健食品管理办法》，开始对保健食品进行专 门管理，规定所有保健食品必须经过卫生部批准、注册。同年11月4日，卫生部公 布了*批获得批准的保健食品名单，从此保健食品批准文号开始进入了我们的视野。“卫食健字(96)第001号”是我国对保健食品实行法定注册监管以来的*个 国产保健食品的批准文号。
“卫”代表中华人民共和国卫生部，“食”代表食品，“健”代表保健食品，因为保健食品是食品中的一个种类，仍旧属于食品的范畴， “96”代表该保健食品获得批准的年份，“001号”代表该保健食品是其获得批准的 年份内的*个产品。对于进口的保健食品，卫生部也明确了标志方式，1996年 批准的为“卫进食健字（96)第XXX号”，其中的“进”代表进口，产品顺序号为3位 数字。
1997年，卫生部曾对原有的标识方式稍做调整，将批准文号中年份的格式，由 2位代码改成4位代码，产品顺序号仍为3位数字。1997年12月1日，卫生部批准公布了 10个组合式保健食品，产生了另一个新的批准文号：“卫组食健备字 [1997]第XXX号”。
1998年9月4日，卫生部公布了又一个备案号为“卫组食健备[1998]第001号”的组合式保健食品。随着保健食品行业的不断发展和市场需求量的不断增大，保健食品的批准数量也在不断增加。1999年4月29日，卫生部对国产保健食品顺序号进行了调整， 由原来的3位数字调整成4位，“卫食健字[1999]第0171号”成为*个4位顺序 号的国产保健食品批准文号。
同年5月12日，卫生部对进口保健食品批准文号的 标志方式也进行了调整，先是从1999年的第044号保健食品开始，将“卫进食健 字”改成“卫食健进字”，又从第045号对产品顺序号进行了调整，由3位数字升为4 位，即“卫进食健字[1999]第043号”到“卫食健进字[1999]第044号”，再到“卫食健进字[1999]第0045号”。
从2000年起，卫生部又将批准文号中的表示年份的“[4位年份代码]”修改成 “(4位年份代码）”，产品顺序号仍旧为4位数字。2000年至2002年间的保健食品批准文号的标志方式也固定为“卫食健字（4位年份代码）第X X X号”（国产）和“卫食健进字(4位年份代码)第X X X号”(进口）两种。
2003年，卫生部再次将进口保健食品批准文号的标识方式由“卫食健进字 (4位年份代码)第XX X号”调整成为“卫进食健字（4位年份代码）第X X X 号”，但在使用到第0007号产品后，又重新调整回“卫食健进字（4位年份代码） 第XXX号”，而从第0021号产品后，再次调整回“卫进食健字（4位年份代码） 第X X X号”，并一直使用到2003年第0025号——卫生部批准的*后一个进口保健食品。
国产保健食品批准文号的标志方式则未做调整。从2003年6月12日起，卫生部停止受理新的保健食品申报，移交由国家食品 药品监督管理局统一审批和监管，2003年7月8日，卫生部公布了*后一批由其批准的保健食品名单。2003年10月10日，国家食品药品监督管理局正式开始受理 保健食品申报，并于同年12月12日公布了*批由其批准的保健食品名单，标志 方式为“国食健字G+四位年份代码+四位顺序号”及“国食健字J+四位年份代码 +四位顺序号”的批准文号正式亮相，“国”代表国家食品药品监督管理局，“G”代表国产，“J”代表进口，*个由国家食品药品监督管理局批准的国产保健食品和 进口保健食品的批准文号分别为“国食健字G20030001”和“国食健字J20030001”。
至此，保健食品批准文号的标志方式也固定在了“国食健字”的格式上。由于卫生部原来未对保健食品的批准文号做有效期的规定，因此，由卫生部从 1996年以来批准的所有保健食品，在市场上仍然为合法产品，这给保健食品市场 造成了一定程度的混乱。由国家食品药品监督管理局颁布，并从2005年7月1曰 起开始施行的《保健食品注册管理办法(试行）》中明文规定：“保健食品批准证书有 效期为5年”，终于结束了长达9年的“批准文号终身制”的局面。
国家食品药品监 督管理局也已经着手组织对全国的保健食品进行再注册，并统一更换为“国食健 字”的工作。